SystemModeler の用途と使用例

解糖:酵母の振動の研究

酵母の一種であるサッカロミセスセレビシエの解糖振動は,よく研究されている現象です.この例ではHopf分岐付近での振動をシミュレーションします.分岐点付近でわずかにパラメータを変更すると,系の挙動が質的に変化します.

この例題を実行するためには

SystemModeler 3

が必要です.

どちらかお選びください.

SBMLモデルのインポート

SBML(システムバイオロジーマークアップ言語)形式で簡単にモデルをインポートします.

異なる設定のシミュレーション

分岐パラメータのわずかな変化が,タンパク質の振動と分子の濃度にどの程度の影響を与えるかを比較します.

         
 
酵母解糖のBioChem例題モデル
サイトソルの成分
分岐点の異なる側でのATP振動
 
   
   
         

生体反応ネットワークを可視化

組込みのBioChemライブラリを使って,モデルを可視化しシミュレーションを行ないます.

 
Hynne et al., 2001. Full-scale model of glycolysis in Saccharomyces cerevisiae.
Biophys Chem. 94(1–2):121–63.
 


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