SystemModeler 的用途和范例

糖酵解:研究酵母细胞中的振荡

在各类酵母细胞中,关于酿酒酵母的糖酵解振荡现象已做了深入研究。此范例对霍普夫分岔附近的振荡进行了模拟。在分岔点附近略微改变参数就定性地改变了系统的行为。

运行此范例,您需要用到

SystemModeler 3.

请选择:

导入 SBML 模型

轻松导入系统生物学标记语言(SBML)格式的模型。

模拟不同情况

比较分岔参数的微小变化对蛋白质和分子浓度振荡的影响。

         
 
酵母糖酵解的生化模型示例
细胞质成分
分岔点不同侧面的 ATP 振荡
 
   
   
         
可视化生物反应网络

使用内置 BioChem 库对模型进行可视化和仿真。

 
Hynne et al., 2001. Full-scale model of glycolysis in Saccharomyces cerevisiae.
Biophys Chem. 94(1–2):121–63.
 


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