Mathematica ノートブックも，それ自体が Mathematica の式，つまりプログラムになっています．このため，Mathematica はノートブックのあらゆる面をプログラムで生成したり操作したりすることができます．

式をもとにしたドキュメント生成(EBDG)は Mathematica アーキテクチャに独特のものです．この機能と 出版品質のタイプセット式やスペルチェック，インポート／エキスポートのオプションが相まって，Mathematica は自動レポート作成，各顧客用の見積りのオンザフライ作成，（webMathematica を使った）完全に動的なWebサイトにさえも適したものとなっています．