Wolfram言語

原子座標を生成する

Wolfram言語は,化学グラフのみに基づいて分子の3D構造を生成することができる.以下の例は,アデノシンの配座をランダムに100個生成する方法を示し,最小エネルギーの構造を求める.

ランダムに生成されたさまざまな座標を持つ100個の分子のリストを生成する.

分子ができるだけ密に充填された状態を可視化する.

さまざまな配座について力場エネルギーを求める.

次にMMFFの力場を使って,エネルギー配座を最適化する.エネルギーの広がりが小さくなり,全体的なエネルギーが減少したことに注目する.

TakeSmallestByを使って,最小エネルギーの配座を持つ分子を求める.

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