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分子を組み換える

いったんMoleculeが作成されてから,結果の構造を変更しなければならないことがよくある.MoleculeModifyは,電荷や質量数等の原子特性を変更することから,部分構造全体を追加あるいは削除することまで,幅広い種類の修正を行うことができる.

ノルマルヘキサンに閉環の化学結合を加え,シクロヘキサンを形成する.

二重結合の酸素原子を加え,シクロヘキサノンを作る.

負電荷を酸素原子に加えて,フェノールをフェノラートに変換する.

酸素原子の電荷の変更に従って,結合されている水素原子の数が変更される.この変更は,ValenceErrorHandlingオプションを使って無効にすることができる.

炭素原子を窒素で置き換える.

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