gridMathematica を使ってヒト免疫における大規模な問題を探究

チャレンジ

免疫系と奇生体の共進化をより深くさまざまな面から研究すること.

解決方法

gridMathematica を使って計算時間を削減し,他ではできないような条件の多い研究を行う.

利点

  • インフルエンザワクチンのプロトコル設計の情報提供
  • 宿主奇生体共進化の基礎科学の探究

Mathematica の強み

  • 1つの計算環境で研究と授業の両方に利用できる.
  • 既存のプログラムに最小限の変更を加えるだけで,計算パワーが大きく向上する.
  • 概念を強調し貴重な時間が節約できる.
「包括的なプラットフォームとしての Mathematica のパワーはまだ過小評価されています.このハイブリッドシステムにより,複雑なタスクを簡単にプログラムし,結果を出し,他の環境にシームレスに接続することができます.

Troy Day博士はクィーンズ大学の数学と生物学の准教授です.博士は動物界全体の宿主寄生体関係を調査し,現在はインフルエンザがどのようにヒト免疫系に影響を及ぼすかを研究しています.SARSの発生やインフルエンザワクチンの不足をきっかけに,博士の研究は,インフルエンザやその他の病原体への感染しやすさに影響するヒトの免疫状態をよく理解するのに役立っています.

Q:先生の研究ではどのように Mathematica をお使いですか.

A:私が最も関心を寄せているのは,進化生物学における数学理論を構築することです.この解析的理論を検証する方法のひとつに,Mathematica で仮想母集団を生成し,この母集団にさまざまな実験的操作を行い,それを観察するというものがあります.現在私の研究室で主に研究している分野は,宿主寄生体共進化です.これらの数値実験を使うことで,簡約された解析モデルに基づいて予想通りに母集団が進化するかどうかを見ることができるのです.

Q:先生は1999年から Mathematica をお使いですが,一番よくお使いになる機能あるいは関数は何ですか.

A:特に好きな機能を1つ挙げることなどできません.Mathematica は一体型の計算環境です.他のソフトウェアプログラムを学ばなくても計算,プログラミング,レポート作成が実行できますし,異なるタスクに対して別のプログラムを持つインターフェースを使う必要もありません.本当に便利です.

Q:gridMathematica にはどのようなことを期待していらっしゃいますか.

A:私は Mathematica で大きい計算を含む実験を行いますが,特に1台のマシンで実行するときはかなりの時間がかかります.gridMathematica には実行時間の短縮を期待していますが,それよりもgridMathematica を使うと,他ではできないようなことが可能になると思っています.調査しなければならない条件が増えると,変数は線形に増加するのではなく急上昇し始めます.したがって,大きい空間の探究には限度があるのです.gridMathematica を使うとそのようなこともできるようになると思います.


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