Alineación y agrupamiento de secuencias
En este ejemplo, compararemos secuencias de genes evolutivamente conservadas (homólogas), entre diferentes organismos mediante alineación de secuencias y agrupaciones.
El gen EME1 tiene homólogos en muchas especies. Wolfram Knowledgebase proporciona datos de la secuencia del gen EME1 para humanos, chimpancés, ratones y ratas tanto a Wolfram|Alpha como a Wolfram Language.
Por ejemplo, está es la secuencia del gen EME1 en ratones.
Ahora interpretemos las entidades del gen EME1 para cada uno de los organismos que hemos seleccionado.
Desde aquí, recupere las secuencias de cada uno de los genes que hemos seleccionado.
Al observar los comienzos de los alineamientos de las secuencias para EME1 en humanos y chimpancés, parecen que son mucho más similares que para ratas y ratones. Las secuencias del gen EME1 de humanos y ratones parecen ser menos similares.
Agrupando secuencias, podremos ver cuán similares son realmente las secuencias completas. Primero, calcularemos todas las relaciones de similitud entre cada una las secuencias.
Vemos una gran similitud entre los cromosomas humanos y los del chimpancés e intermedia comparados con los de ratas y ratones.
Al originar un dendrograma, podemos ver la estrechez relativa de los grupos producidos a partir de esta similitud.
Al observar la alineación completa, podemos ver que las secuencias humanas del gen EME1 están casi perfectamente alineadas con las secuencias del EME1 de los chimpancés, mientras que la alineación del EME1 entre humanos y ratones es más aleatoria.
Por medio de la música, podemos escuchar las diferencia entre una alineación fuerte y una débil, lo que significa que las diferencias en notas musicales denotan donde las secuencias están alineadas y donde no.
Escuche cómo suena la alineación del EME1 para el chimpancé / humano.
Compare ahora el sonido de la alineación entre el gen EME1 con el ratas y ratones.
