Alinhamento e agrupamento de sequências
Este exemplo compara sequências de genes evolutivamente preservados (homólogos) entre diferentes organismos, usando alinhamento e agrupamento de sequências.
O gene EME1 possui homólogos em muitas espécies. A Wolfram Knowledgebase fornece dados da sequência do gene EME1 para humanos, chimpanzés, ratos e camundongos tanto para o Wolfram|Alpha como para a Wolfram Language.
Por exemplo, aqui está a sequência do gene EME1 para camundongos.
Agora interprete entidades do gene EME1 para cada um dos organismos selecionados.
A partir daqui, recupere as sequências de cada um dos genes selecionados.
Observando o início dos alinhamentos das sequências, parece que as sequências do gene EME1 para humanos e chimpanzés são muito mais semelhantes do que para ratos e camundongos. As sequências do gene EME1 de humanos e camundongos parecem ainda menos semelhantes.
Com o agrupamento de sequências, é possível ver como sequências inteiras são semelhantes. Primeiro, calcule todas as relações de similaridade entre todas as sequências.
Você pode ver fortes semelhanças entre os cromossomos humanos e de chimpanzés e semelhanças médias entre os cromossomos de ratos e de camundongos.
Observando o dendrograma, podemos ver a tensão relativa dos agrupamentos produzidos a partir dessa semelhança.
Observando o alinhamento completo, podemos ver que as sequências EME1 humanas estão quase perfeitamente alinhadas às sequências do EME1 do chimpanzé, enquanto o alinhamento EME1 entre ratos e humanos é mais aleatória.
Com música, podemos ouvir a diferença entre um alinhamento mais forte e um mais fraco, indicando na música onde as sequências estão alinhadas e onde elas não estão.
Ouça como soa o alinhamento chimpanzé/humano para EME1.
Compare isso com o som do alinhamento do EME1 entre ratos e camundongos.
