Modificando moléculas
Uma vez que uma Molecule é criada, muitas vezes é necessário modificar a estrutura resultante. MoleculeModify pode executar uma grande variedade de modificações, desde alterar propriedades atômicas como carga e número de massa até adicionar e remover subestruturas inteiras.
Adicione uma ligação de fechamento de anel a 
-hexano para formar ciclohexano.
Adicione um átomo de oxigênio de ligação dupla para fazer ciclohexanona.
Converta fenol em fenolato adicionando uma carga negativa ao átomo de oxigênio.
Quando a carga no átomo de oxigênio foi alterada, o número de átomos de hidrogênio ligados foi alterado apropriadamente. Isso pode ser desativado usando a opção ValenceErrorHandling.
Substitua um átomo de carbono por nitrogênio.
