Wolfram Language

Zellen anhand ihrer Form klassifizieren

Dieses Beispiel zeigt, wie man Zellen segmentiert und analysiert, um einfache Zellen aus Paaren oder Zellhaufen zu klassifizieren. Neue Kontur-Eigenschaften in ComponentMeasurements werden verwendet und die Kontur mit der konvexen Hülle um die Zellen verglichen. Dieser Vergleich kann konvexe Defekte zeigen, die zur Klassifizierung von Zelltypen verwendet werden.

Das Bild stammt aus Liu, Y., Aubrey, W., Martin, K., Sparkes, A., Lu, C. und King, R.D., 2011. The analysis of yeast cell morphology features in exponential and stationary Phase. Journal of Biological Systems, 19(04), pp. 561575.

Berechnen Sie eine Segmentierungsmaske und verwenden Sie sie zum Messen der Konturen.

Erstellen Sie ein kleines Dienstprogramm, um das ConvexHullMesh der Konturen zu erhalten und die Fehler zu berechnen. Mit PeakDetect können Sie auch die Verbindungspunkte zwischen zwei Zellen finden.

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Es ist nun möglich, einen Detektor für gelappte Zellen mittels konturkonvexer Defekte und FindPeaks zu konstruieren.

Schließlich erhalten Sie den Zellformklassifizierer basierend auf konvexen Defekten, der anzeigt, ob die Zelle einfach (kein oder ein Defekt), ein Paar Zellen (zwei Defekte) oder komplex (mehrere Defekte) ist.

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