Connectez-vous à une instance MySQL publique
En bio-informatique, il existe un certain nombre de terminaux SQL publics qui contiennent de très grands jeux de données. Cet exemple illustre à quel point il est facile de s'y connecter et d'extraire rapidement des informations qui seraient très difficiles à traiter en mémoire.
Pour visualiser certaines données, vous devez vous connecter au terminal public fourni par le projet ensembl et extraire les informations du schéma pour deux tableaux.
Créez un EntityStore.
Ensuite, vous pouvez l'enregistrer.
Puisque vous déchargez le calcul vers la base de données externe, tout est très rapide.
Il y a plus de 2,5 millions de rangées dans le tableau et vous avez pu les compter en une fraction de seconde (y compris un aller-retour réseau).
Il est intéressant de se demander quels sont les biotypes les plus courants pour les gènes. Tout d'abord, vous allez faire un regroupement par biotype et compter les gènes.
Ensuite, triez-les avec la propriété "count" et ne retenez que les 10 plus grands.
Remarquez que les deux dernières opérations sont purement symboliques. Pour exécuter la requête, appelez EntityValue.
Représentez graphiquement les données.
