文字列分解

遺伝子のヌクレオチドのリスト中のコドン（連続する3つのヌクレオチドのグループ）の相対頻度を調べる．

ヒト遺伝子"SCNN1A"のDNA配列を取得する．

In[1]:=

dnasequence = GenomeData["SCNN1A", "FullSequence"];

StringPartitionを使って対応するコドンのリストを構築する．

In[2]:=

codons = StringPartition[dnasequence, 3];

In[3]:=

Take[codons, 10]

Out[3]=

この遺伝子中の各コドンの相対頻度を計算する．

In[4]:=

frequencies = N[Counts[codons]/Length[codons]];

A，C，G，Tのヌクレオチドから形成可能なコドンは64ある．選択した遺伝子にこれらすべてが含まれている．

In[5]:=

frequencies // Length

Out[5]=

頻度が最も高い3つのコドンを求める．

In[6]:=

TakeLargest[frequencies, 3]

Out[6]=

頻度が最も低い3つのコドンを求める．

In[7]:=

TakeSmallest[frequencies, 3]

Out[7]=

全相対頻度をGridを使って可視化する．

In[8]:=

background = Thread[Rule[ Flatten[{ Outer[List, Range[1, 15, 2], {3, 4, 7, 8}], Outer[List, Range[2, 16, 2], {1, 2, 5, 6}] }, 2], GrayLevel[0.9]]]; Grid[Partition[Sequence @@@ Normal[KeySort@frequencies], 8], Spacings -> {1, 1}, Dividers -> All, Background -> {None, None, background}]

Out[8]=