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字符串分解

查看基因的核甘酸中的密码子（三个连续核甘酸组）的相关频率.

获取人类基因 "SCNN1A" 的 DNA 序列.

In[1]:=

dnasequence = GenomeData["SCNN1A", "FullSequence"];

用 StringPartition 构建密码子的相应列表.

In[2]:=

codons = StringPartition[dnasequence, 3];

In[3]:=

Take[codons, 10]

Out[3]=

计算在该基因中每个密码子的相对频率.

In[4]:=

frequencies = N[Counts[codons]/Length[codons]];

由 A、C、G、T 核甘酸构成 64 个可能的密码子，并都在所选基因中出现.

In[5]:=

frequencies // Length

Out[5]=

找出频率最高的三个密码子.

In[6]:=

TakeLargest[frequencies, 3]

Out[6]=

找出频率最低的三个密码子.

In[7]:=

TakeSmallest[frequencies, 3]

Out[7]=

在 Grid 中可视化所有相对频率.

In[8]:=

background = Thread[Rule[ Flatten[{ Outer[List, Range[1, 15, 2], {3, 4, 7, 8}], Outer[List, Range[2, 16, 2], {1, 2, 5, 6}] }, 2], GrayLevel[0.9]]]; Grid[Partition[Sequence @@@ Normal[KeySort@frequencies], 8], Spacings -> {1, 1}, Dividers -> All, Background -> {None, None, background}]

Out[8]=