Decomposição da cadeia de caracteres

Examine as frequências relativas de códons (grupo de 3 nucleotídeos consecutivos) na lista de nucleotídeos de um gene.

Obtenha a sequência de DNA do gene humano "SCNN1A".

In[1]:=

dnasequence = GenomeData["SCNN1A", "FullSequence"];

Use StringPartition para criar a lista correspondente de códons .

In[2]:=

codons = StringPartition[dnasequence, 3];

In[3]:=

Take[codons, 10]

Out[3]=

Calcule a frequência relativa de cada códon neste gene.

In[4]:=

frequencies = N[Counts[codons]/Length[codons]];

Existem 64 possíveis códons formados a partir dos nucleotídeos A, C, G, T, e todos aparecem no gene selecionado.

In[5]:=

frequencies // Length

Out[5]=

Ache os 3 códons com as frequências mais altas.

In[6]:=

TakeLargest[frequencies, 3]

Out[6]=

Ache os 3 códons com as frequências mais baixas.

In[7]:=

TakeSmallest[frequencies, 3]

Out[7]=

Visualize todas as frequências relativas em um Grid.

In[8]:=

background = Thread[Rule[ Flatten[{ Outer[List, Range[1, 15, 2], {3, 4, 7, 8}], Outer[List, Range[2, 16, 2], {1, 2, 5, 6}] }, 2], GrayLevel[0.9]]]; Grid[Partition[Sequence @@@ Normal[KeySort@frequencies], 8], Spacings -> {1, 1}, Dividers -> All, Background -> {None, None, background}]

Out[8]=