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Décomposition des chaînes de caractères

Examinez les fréquences de codons (groupes de trois nucléotides consécutifs) dans la liste des nucléotides d'un gène.

Obtenez la séquence d'ADN du gène humain "SCNN1A".

In[1]:=

dnasequence = GenomeData["SCNN1A", "FullSequence"];

Utilisez StringPartition pour construire la liste correspondante de codons.

In[2]:=

codons = StringPartition[dnasequence, 3];

In[3]:=

Take[codons, 10]

Out[3]=

Calculez la fréquence relative de chaque codon dans ce gène.

In[4]:=

frequencies = N[Counts[codons]/Length[codons]];

Il existe 64 codons possibles formés à partir des nucléotides A, C, G, T et ils apparaissent tous dans le gène choisi.

In[5]:=

frequencies // Length

Out[5]=

Trouvez les trois codons avec les fréquences les plus élevées.

In[6]:=

TakeLargest[frequencies, 3]

Out[6]=

Trouvez les trois codons avec les fréquences les plus basses.

In[7]:=

TakeSmallest[frequencies, 3]

Out[7]=

Visualisez toutes les fréquences dans une Grid.

In[8]:=

background = Thread[Rule[ Flatten[{ Outer[List, Range[1, 15, 2], {3, 4, 7, 8}], Outer[List, Range[2, 16, 2], {1, 2, 5, 6}] }, 2], GrayLevel[0.9]]]; Grid[Partition[Sequence @@@ Normal[KeySort@frequencies], 8], Spacings -> {1, 1}, Dividers -> All, Background -> {None, None, background}]

Out[8]=