순서 정렬 및 클러스터링
이 예는 다양한 생명체 간의 진화적으로 보존된 (상응) 유전자의 서열을 정렬과 클러스터링을 사용하여 비교합니다.
EME1 유전자는 여러 종의 상동체가 있습니다. Wolfram Knowledgebase는 인간, 침팬지, 생쥐, 쥐의 EME1 배열 데이터를 Wolfram|Alpha와 Wolfram 언어 모두에 제공합니다.
예를 들어, 다음의 생쥐의 EME1 유전자 배열을 살펴봅시다.
선택한 생명체 각각의 EME1 유전자 실체를 해석합니다.
여기에서 선택한 각각의 유전자의 유전자 배열을 추출합니다.
순서 정렬 처음을 보면 인간과 침팬지의 EME1 유전자 배열은 쥐와 생쥐의 유전자 배열보다 유사성이 훨씬 높은 것을 알 수 있습니다. 인간과 생쥐의 EME1 배열은 유사점을 더욱 찾기 어렵습니다.
시퀀스 클러스터링을 사용하면 실제로 전체 배열이 어느 정도 유사한지 알 수 있습니다. 우선 모든 배열 사이의 유사성을 계산할 수 있습니다.
인간과 침팬지의 염색체는 강한 유사성을 보여주고 생쥐와 쥐의 염색체는 중간 정도의 유사성을 보여줍니다.
계통수를 사용하면 이 유사성에 의해 생성된 클러스터의 상대적인 밀집도를 알 수 있습니다.
전체 정렬을 보면 인간의 EME1 배열은 침팬지의 EME1 배열과 거의 완벽하게 일치하는 반면, 생쥐와 인간의 EME1 정렬은 거의 무작위라 할 수 있습니다.
음악으로 시퀀스가 갖춰진 부분과 갖추어지지 않은 부분을 들을 때, 강한 정렬과 약한 정렬의 차이를 들을 수 있습니다.
EME1의 침팬지/인간의 정렬 위치가 어떻게 들리는지 알아봅니다.
쥐와 생쥐의 EME1 정렬의 사운드와 비교해 봅니다.
