Reconstrucción 3D mediante apilamiento de foco
Los microscopios tienen poca profundidad de campo. Las características de la imagen delante o detrás del plano focal se desenfocan y desenfocan rápidamente.
El apilamiento de enfoque es una técnica de procesamiento de imágenes para combinar una pila de imágenes con diferentes distancias focales en una mediante la recopilación selectiva de regiones enfocadas de cada imagen en la pila.
La función incorporada ImageFocusCombine realiza exactamente esa tarea.
Además, se puede derivar un mapa de profundidad para cada entidad en foco y, por lo tanto, para los píxeles correspondientes en la imagen. El mapa de profundidad resultante en combinación con la imagen original proporciona una reconstrucción 3D de la muestra bajo el microscopio.
Tome la norma del filtro laplaciano como un indicador de que un píxel está enfocado o desenfocado. El filtro laplaciano recoge los altos coeficientes de Fourier, que se atenúan primero si una imagen está desenfocada.
Luego, para cada píxel, elija la capa que exhibe la norma de filtro laplaciano más grande.
Multiplique el volumen binario resultante con la pila focal y sume todas las capas. Por lo tanto, solo recopila los valores de píxeles enfocados.
El volumen binario depthVol contiene la información de profundidad de cada píxel. Conviértalo en un mapa de profundidad bidimensional.
La información de profundidad es bastante ruidosa y no es igualmente confiable para todas las ubicaciones de píxeles. Solo los bordes proporcionan una indicación clara si una región de la imagen está enfocada o no. Por lo tanto, utilice el total de focusResponses como una medida de confianza para el mapa de profundidad.
Tome solo esas medidas de profundidad con una confianza mayor de 0.05 en cuenta.
Puede regularizar los valores de profundidad con MedianFilter y cerrar brechas vía FillingTransform.
Muestre el mapa de profundidad en 3D usando la imagen enfocada como su textura.
