原子座標を生成する
Wolfram言語は,化学グラフのみに基づいて分子の3D構造を生成することができる.以下の例は,アデノシンの配座をランダムに100個生成する方法を示し,最小エネルギーの構造を求める.
ランダムに生成されたさまざまな座標を持つ100個の分子のリストを生成する.
分子ができるだけ密に充填された状態を可視化する.
さまざまな配座について力場エネルギーを求める.
次にMMFFの力場を使って,エネルギー配座を最適化する.エネルギーの広がりが小さくなり,全体的なエネルギーが減少したことに注目する.
TakeSmallestByを使って,最小エネルギーの配座を持つ分子を求める.