内部座標を解析する
分子の内部座標は,3D構造を完全に定義する結合距離,結合角,ねじれ角の集合である.内部座標は、さまざまな化学の応用と特性の調査に使われる.
二糖類のマルトースについて,結合距離とねじれ角を調べる.
MoleculeValueを使ってすべての結合距離を求める.結合距離のリストは,効率的なQuantityArray構造を使って返される.
MeanAroundを使って,結合距離の平均を求める.
BondListを使って,各結合の原子と長さを抽出してから,原子の種類ごとに結合距離をグループ分けする.
結合のタイプそれぞれについて,結合距離の平均を求める.
それぞれの角が二重結合を含む場合には,結合角を求めることはより複雑になる.まず逐次的に結合された任意の原子3つを表すパターンを定義する.
FindMoleculeSubstructureを使って,このパターンにマッチする原子の指標を求める.
原子の種類ごとに結合角をグループ分けするために,ソート関数を定義し,確実にCCH角とHCC角が同じグループに入れられるようにする.
関数angleLabelを使って,角の位置をグループ分けする.
この分子のさまざまな種類の結合角について変異型を可視化する.