Les molécules des chaînes SMILES
Au lieu d'utiliser des noms chimiques systématiques, les chaînes SMILES permettent de représenter une molécule de façon compacte. L'écriture vous permet de générer rapidement et facilement de nouvelles structures chimiques.
L'unité de base d'une chaîne SMILES correspond au symbole atomique entre parenthèses. Par exemple, "[Xe]" représente un atome libre 
.
Deux symboles atomiques, réunis sans rien entre eux, représentent une liaison simple.
Les valeurs des charges ou des isotopes peuvent être incluses dans le symbole de l'atome.
Pour les éléments organiques communs, il n'est pas nécessaire d'ajouter des parenthèses autour du symbole atomique. Les atomes d'hydrogène sont ajoutés pour compléter la valence atomique normale. Le méthane est donc représenté simplement par "C".
Une fois convertis en Molecule, les hydrogènes sont ajoutés automatiquement.
Pour créer une chaîne linéaire d'atomes reliés par des liaisons simples, il suffit de combiner leurs symboles dans l'ordre.
Les doubles et triples liaisons sont indiqués par les symboles "=" et "#", respectivement. Les cycles sont indiqués en ajoutant une étiquette numérique à deux atomes voisins.
Ce qui suit illustre une chaîne linéaire et une variante de cycle. La seule différence dans l'écriture est d'écrire le premier et le dernier atome avec le même nombre.
