基因的常见 DNA 子序列

版本 7 中的函数 LongestCommonSequence 和 LongestCommonSubsequence 现在得到了其位置配对 LongestCommonSequencePositions 和 LongestCommonSubsequencePositions 的补充.

对比随机的 Y 染色体基因的 DNA 序列.

In[1]:=

genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]

Out[1]=

将这些基因配对分组.

In[2]:=

With[{subsets = Subsets[genes, {2}]}, Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];

定义获取每对共有的最长连续的 DNA 序列位置以及序列本身的函数.

In[3]:=

commonDNASubequence[{g1_, g2_}] := With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2}, LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2], LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]

第一对最长共有子序列.

In[4]:=

commonDNASubequence[pair[1]]

Out[4]=

第二对最长共有子序列.

In[5]:=

commonDNASubequence[pair[2]]

Out[5]=

第三对最长共有子序列.

In[6]:=

commonDNASubequence[pair[3]]

Out[6]=

第四对最长共有子序列.

In[7]:=

commonDNASubequence[pair[4]]

Out[7]=

第五对最长共有子序列.

In[8]:=

commonDNASubequence[pair[5]]

Out[8]=

第六对最长共有子序列.

In[9]:=

commonDNASubequence[pair[6]]

Out[9]=