Gemeinsame DNA-Teilfolgen in Genen

Die Funktionen LongestCommonSequence und LongestCommonSubsequence der Version 7 wurden nun durch ihre positionsgebenden Gegenstücke LongestCommonSequencePositions und LongestCommonSubsequencePositions ergänzt.

Vergleichen Sie die DNA-Sequenzen zufälliger Gene des Y-Chromosoms.

In[1]:=

genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]

Out[1]=

Gruppieren Sie diese Gene nach Paaren.

In[2]:=

With[{subsets = Subsets[genes, {2}]}, Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];

Bestimmen Sie eine Funktion, die die Positionen der längsten gemeinsamen zusammenhängenden DNA-Sequenz jedes Paares, sowie die Sequenz selbst ermittelt.

In[3]:=

commonDNASubequence[{g1_, g2_}] := With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2}, LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2], LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]

Die längste gemeinsame Teilfolge des ersten Paares.

In[4]:=

commonDNASubequence[pair[1]]

Out[4]=

Die längste gemeinsame Teilfolge des zweiten Paares.

In[5]:=

commonDNASubequence[pair[2]]

Out[5]=

Die längste gemeinsame Teilfolge des dritten Paares.

In[6]:=

commonDNASubequence[pair[3]]

Out[6]=

Die längste gemeinsame Teilfolge des vierten Paares.

In[7]:=

commonDNASubequence[pair[4]]

Out[7]=

Die längste gemeinsame Teilfolge des fünften Paares.

In[8]:=

commonDNASubequence[pair[5]]

Out[8]=

Die längste gemeinsame Teilfolge des sechsten Paares.

In[9]:=

commonDNASubequence[pair[6]]

Out[9]=