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遺伝子のDNAの共通部分配列

バージョン7の関数であるLongestCommonSequenceとLongestCommonSubsequenceに，位置を加味したLongestCommonSequencePositionsとLongestCommonSubsequencePositionsが加わった．

Y染色体のランダムな遺伝子のDNA配列を比較する．

In[1]:=

genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]

Out[1]=

この遺伝子をペアごとにグループ化する．

In[2]:=

With[{subsets = Subsets[genes, {2}]}, Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];

各ペアに共通の最長DNA配列の位置を配列自体とともに求める関数を定義する．

In[3]:=

commonDNASubequence[{g1_, g2_}] := With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2}, LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2], LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]

最初のペアの最長共通部分列．

In[4]:=

commonDNASubequence[pair[1]]

Out[4]=

2番目のペアの最長共通部分列．

In[5]:=

commonDNASubequence[pair[2]]

Out[5]=

3番目のペアの最長共通部分列．

In[6]:=

commonDNASubequence[pair[3]]

Out[6]=

4番目のペアの最長共通部分列．

In[7]:=

commonDNASubequence[pair[4]]

Out[7]=

5番目のペアの最長共通部分列．

In[8]:=

commonDNASubequence[pair[5]]

Out[8]=

6番目のペアの最長共通部分列．

In[9]:=

commonDNASubequence[pair[6]]

Out[9]=