遺伝子のDNAの共通部分配列
バージョン7の関数であるLongestCommonSequenceとLongestCommonSubsequenceに,位置を加味したLongestCommonSequencePositionsとLongestCommonSubsequencePositionsが加わった.
Y染色体のランダムな遺伝子のDNA配列を比較する.
In[1]:=

genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]
Out[1]=

この遺伝子をペアごとにグループ化する.
In[2]:=

With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];
各ペアに共通の最長DNA配列の位置を配列自体とともに求める関数を定義する.
In[3]:=

commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]
最初のペアの最長共通部分列.
In[4]:=

commonDNASubequence[pair[1]]
Out[4]=

2番目のペアの最長共通部分列.
In[5]:=

commonDNASubequence[pair[2]]
Out[5]=

3番目のペアの最長共通部分列.
In[6]:=

commonDNASubequence[pair[3]]
Out[6]=

4番目のペアの最長共通部分列.
In[7]:=

commonDNASubequence[pair[4]]
Out[7]=

5番目のペアの最長共通部分列.
In[8]:=

commonDNASubequence[pair[5]]
Out[8]=

6番目のペアの最長共通部分列.
In[9]:=

commonDNASubequence[pair[6]]
Out[9]=
