Subsequência de DNA comum de genes
As funções da versão 7 LongestCommonSequence e LongestCommonSubsequence agora são complementadas pelas suas contrapartidas posicionais LongestCommonSequencePositions e LongestCommonSubsequencePositions.
Comparar as sequências de DNA de genes aleatórios do cromossomo Y.
In[1]:=
genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]Out[1]=
Agrupe esses genes em pares.
In[2]:=
With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];Defina uma função que irá obter as posições da maior sequência de DNA contínua comum a cada par, juntamente com a própria sequência.
In[3]:=
commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]Maior subsequência comum do primeiro par.
In[4]:=
commonDNASubequence[pair[1]]Out[4]=
Maior subsequência comum do terceiro par.
In[5]:=
commonDNASubequence[pair[2]]Out[5]=
Maior subsequência comum do segundo par.
In[6]:=
commonDNASubequence[pair[3]]Out[6]=
Maior subsequência comum do quarto par.
In[7]:=
commonDNASubequence[pair[4]]Out[7]=
Maior subsequência comum do quinto par.
In[8]:=
commonDNASubequence[pair[5]]Out[8]=
Maior subsequência comum do sexto par.
In[9]:=
commonDNASubequence[pair[6]]Out[9]=
