Общая генетическая подцепочка ДНК

Функции версии 7 LongestCommonSequence и LongestCommonSubsequence теперь дополнены их позиционными аналогами LongestCommonSequencePositions и LongestCommonSubsequencePositions.

Сравните цепочку ДНК случайных генов Y хромосомы.

In[1]:=

genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]

Out[1]=

Сгруппируйте эти гены по парам.

In[2]:=

With[{subsets = Subsets[genes, {2}]}, Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];

Задайте функцию, которая определит позиции самой длинной беспрерывной цепочки ДНК, характерной для каждой пары, а также саму цепочку.

In[3]:=

commonDNASubequence[{g1_, g2_}] := With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2}, LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2], LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]

Самая длинная общая подцепочка для первой пары.

In[4]:=

commonDNASubequence[pair[1]]

Out[4]=

Самая длинная общая подцепочка для второй пары.

In[5]:=

commonDNASubequence[pair[2]]

Out[5]=

Самая длинная общая подцепочка для третьей пары.

In[6]:=

commonDNASubequence[pair[3]]

Out[6]=

Самая длинная общая подцепочка для четвёртой пары.

In[7]:=

commonDNASubequence[pair[4]]

Out[7]=

Самая длинная общая подцепочка для пятой пары.

In[8]:=

commonDNASubequence[pair[5]]

Out[8]=

Самая длинная общая подцепочка для шестой пары.

In[9]:=

commonDNASubequence[pair[6]]

Out[9]=