Общая генетическая подцепочка ДНК
Функции версии 7 LongestCommonSequence и LongestCommonSubsequence теперь дополнены их позиционными аналогами LongestCommonSequencePositions и LongestCommonSubsequencePositions.
Сравните цепочку ДНК случайных генов Y хромосомы.
In[1]:=
genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]Out[1]=
Сгруппируйте эти гены по парам.
In[2]:=
With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];Задайте функцию, которая определит позиции самой длинной беспрерывной цепочки ДНК, характерной для каждой пары, а также саму цепочку.
In[3]:=
commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]Самая длинная общая подцепочка для первой пары.
In[4]:=
commonDNASubequence[pair[1]]Out[4]=
Самая длинная общая подцепочка для второй пары.
In[5]:=
commonDNASubequence[pair[2]]Out[5]=
Самая длинная общая подцепочка для третьей пары.
In[6]:=
commonDNASubequence[pair[3]]Out[6]=
Самая длинная общая подцепочка для четвёртой пары.
In[7]:=
commonDNASubequence[pair[4]]Out[7]=
Самая длинная общая подцепочка для пятой пары.
In[8]:=
commonDNASubequence[pair[5]]Out[8]=
Самая длинная общая подцепочка для шестой пары.
In[9]:=
commonDNASubequence[pair[6]]Out[9]=
