Alignement et regroupement des séquences
Cet exemple compare des séquences de gènes (homologues) préservées au cours de l'évolution entre différents organismes, en utilisant l'alignement et le regroupement des séquences.
Le gène EME1 a des homologues chez de nombreuses espèces. La base de connaissances Wolfram Knowledgebase fournit des données de séquence EME1 pour les humains, les chimpanzés, les souris et les rats aussi bien avec Wolfram|Alpha que Wolfram Language.
Par exemple, voici la séquence du gène EME1 chez la souris.
Interprétez maintenant les entités du gène EME1 pour chacun des organismes sélectionnés.
À partir de là, récupérez les séquences de gènes pour chacun des gènes sélectionnés.
Si l'on examine les débuts de l'alignement des séquences, il apparaît que les séquences de gènes EME1 chez les humains et les chimpanzés sont bien plus similaires que celles des rats et des souris. Les séquences EME1 chez l'homme et chez la souris semblent bien moins similaires.
Avec le regroupement de séquences, vous serez en mesure de voir à quel point les séquences entières se ressemblent. Tout d'abord, calculez tous les rapports de similarité entre toutes les séquences.
Vous pouvez voir de fortes similitudes entre les chromosomes de l'homme et du chimpanzé et des similitudes moyennes entre les chromosomes du rat et de la souris.
Si vous prenez le dendrogramme, vous pouvez voir l'étroitesse relative des grappes produites par cette similarité.
En observant l'alignement complet, vous pouvez voir que les séquences EME1 de l'homme sont presque parfaitement alignées avec les séquences EME1 du chimpanzé, alors que l'alignement EME1 entre les souris et les humains est presque aléatoire.
En musique, on peut entendre la différence entre un alignement plus fort et un alignement plus faible, c'est-à-dire lorsque les séquences sont plus ou moins similaires.
Écoutez le son de l'alignement EME1 des chimpanzés et des humains.
Comparez cela au son de l'alignement EME1 entre les rats et les souris.
