Importe e utilize metadados de microscópio
A metainformação de imagens, como modalidade, dispositivo de gravação, tempo de exposição etc., geralmente é armazenada nos metadados de um arquivo de imagem. BioFormatsLink é um pacote para interagir com a biblioteca Bio-Formats e pode ser usado para importar arquivos de imagem para a Wolfram Language.
Faça o download e descompacte um arquivo Leica LIF arquivado em ZIP de uma seção do rim de um rato, conforme fornecido por Jean-Yves Tinevez do PFID Imagopôle do Institut Pasteur, Paris.
Importe a primeira série de imagens como um volume 3D.
Veja as imagens.
Extraia a metainformação simples como uma lista de regras.
Importe a metainformação do OME como uma estrutura XML.
Extraia informações relacionadas ao voxel da primeira série de imagens como uma lista de regras de substituição.
Construa o tamanho do voxel nas direções , e como uma lista de quantidades.
A primeira série de imagens foi adquirida por depleção de emissão estimulada (STED). Aqui, os comprimentos de onda do laser usados nesta modalidade são extraídos.
Crie a lista de comprimentos de onda dos lasers usados.
Muito mais informação pode ser extraída, por ex. especificações de microscópio e filtro, datas de aquisição, dados e codificações de canal, etc.