Wolfram Language

Importar y utilizar metadatos de microscopio

La metainformación de la imagen, como la modalidad, el dispositivo de grabación, el tiempo de exposición, etc., generalmente se almacena en los metadatos de un archivo de imagen. BioFormatsLink es un paquete para interactuar con la biblioteca de Bio-Formatos para importar datos de imágenes y metadatos a Wolfram Language.

Descargue y descomprima un archivo Leica LIF archivado en ZIP de una sección de riñón de ratón según lo provisto por Jean-Yves Tinevez de PFID Imagopôle en el Institut Pasteur, París.

Importe la primera serie de imágenes como un volumen 3D.

Ver la pila de imágenes.

Extraiga la metainformación simple como una lista de reglas.

Importe la metainformación OME como una estructura XML.

Extraiga información relacionada con voxel de la primera serie de imágenes como una lista de reglas de reemplazo.

Construya el tamaño de vóxel en el , y instrucciones como una lista de cantidades.

La primera serie de imágenes fue adquirida por reducción de emisión estimulada (STED). Aquí, se extraen las longitudes de onda láser utilizadas en esta modalidad.

Construya una lista de longitudes de onda láser aplicadas.

Se puede extraer mucha más información, p. ej. especificaciones de microscopio y filtro, fechas de adquisición, codificaciones de datos y canales, etc.

Ejemplos relacionados

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