Wolfram Language

Importe e utilize metadados de microscópio

A metainformação de imagens, como modalidade, dispositivo de gravação, tempo de exposição etc., geralmente é armazenada nos metadados de um arquivo de imagem. BioFormatsLink é um pacote para interagir com a biblioteca Bio-Formats e pode ser usado para importar arquivos de imagem para a Wolfram Language.

Faça o download e descompacte um arquivo Leica LIF arquivado em ZIP de uma seção do rim de um rato, conforme fornecido por Jean-Yves Tinevez do PFID Imagopôle do Institut Pasteur, Paris.

Importe a primeira série de imagens como um volume 3D.

Veja as imagens.

Extraia a metainformação simples como uma lista de regras.

Importe a metainformação do OME como uma estrutura XML.

Extraia informações relacionadas ao voxel da primeira série de imagens como uma lista de regras de substituição.

Construa o tamanho do voxel nas direções , e como uma lista de quantidades.

A primeira série de imagens foi adquirida por depleção de emissão estimulada (STED). Aqui, os comprimentos de onda do laser usados nesta modalidade são extraídos.

Crie a lista de comprimentos de onda dos lasers usados.

Muito mais informação pode ser extraída, por ex. especificações de microscópio e filtro, datas de aquisição, dados e codificações de canal, etc.

Exemplos Relacionados

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