Busca de similaridade topológica
Descritores de pares de átomos são usados para procurar uma coleção de moléculas para compostos semelhantes. Este exemplo mostra como calcular o descritor, uma associação entre pares e a distância de ligação entre eles, e usá-lo para calcular a distância entre duas moléculas.
Pares de átomos são subestruturas moleculares definidas por dois átomos e o número de ligações ao longo do caminho mais curto entre elas. O gráfico a seguir mostra três pares de átomos, dois com quatro ligações intermediárias e um com sete ligações intermediários.
Defina uma função para calcular todas as instâncias de pares de átomos. A função retorna uma Association com chaves que são triplas {distance, atom1, atom2}e os valores fornecem o número de ocorrências desse par de átomos.
Calcule todos os pares para uma molécula. Observe que cada atomi é um triplo da forma {"AtomicSymbol", "PiElectronCount", "HeavyAtomCoordinationNumber"}.
A similaridade de duas moléculas é medida pelo grau de sobreposição entre seus respectivos multiconjuntos de associações de pares de átomos. Crie uma função de distância personalizada com base na disparidade de dados multiconjunto.
Crie moléculas da lista de agentes do sistema nervoso central (SNC) do PubChem (extraído em 14 de novembro de 2018). O PubChem CID é armazenado na molécula usando MetaInformation.
Crie uma NearestFunction para os vários agentes do SNC utilizando a função de distância molecular.
Sabe-se que o diazepam afeta o sistema nervoso humano, portanto, procure moléculas semelhantes.
Encontre as 10 moléculas no conjunto mais próximo ao diazepam.
Use MoleculePlot para visualizar os 10 compostos mais semelhantes ao diazepam.
