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搜索拓扑相似性

Atom pair descriptors 用于搜索一组类似化合物的分子。下面的例子显示如何计算描述符、原子对之间的关​​联以及它们之间的键距，并用它来计算两个分子之间的距离。

原子对是由两个原子定义的分子亚结构，以及它们之间最短路径上的键数。下图显示了三个原子对，两个具有四个 intervening bonds，一个具有七个 intervening bonds。

定义一个函数来计算所有原子对实例。 函数返回一个 Association，其中的键为三元组 {distance, atom₁, atom₂}，值则给出该原子对出现的次数。

计算分子中所有的原子对。注意，每个原子 atom_i 是形式为 {"AtomicSymbol", "PiElectronCount", "HeavyAtomCoordinationNumber"} 的三元组。

通过各自的多组原子对关联之间重叠的程度来测量两个分子的相似性。根据多组 dice dissimilarity 创建自定义距离函数。

根据 PubChem 中枢神经系统 (CNS) 药剂列表 （2018 年 11月 14 日提取）创建分子。通过 MetaInformation 将 PubChem CID 保存在分子中。

用分子距离函数创建一个各种 CNS 药剂的 NearestFunction。

已知地西泮会影响人体神经系统，寻找类似的分子。

在集合中找到了 10 个与地西泮最相似的分子。

用 MoleculePlot 可视化这 10 个与地西泮最相似的化合物。