Recherche de similitude topologique
Les descripteurs de paires d'atomes sont utilisés pour rechercher des composés similaires dans une collection de molécules. Cet exemple illustre comment calculer le descripteur, correspondant à une association entre les paires et la distance de liaison entre elles, et l'utiliser pour calculer la distance entre deux molécules.
Les paires d'atomes sont des sous-structures moléculaires définies par deux atomes et le nombre de liaisons le long du chemin le plus court entre eux. Le graphe suivant présente trois paires d'atomes, deux avec quatre liaisons intermédiaires et une avec sept liaisons intermédiaires.
Définissez une fonction pour calculer toutes les instances de paires d'atomes. La fonction Association renvoie une association avec des combinaisons triples {distance, atom1, atom2}. Les valeurs donnent le nombre d'occurrences de cette paire d'atomes.
Calculez toutes les paires pour une molécule. Remarquez que chaque atome est un triple de la forme {"AtomicSymbol", "PiElectronCount", "HeavyAtomCoordinationNumber"}.
La similarité de deux molécules est mesurée par le degré de chevauchement entre leurs combinaisons respectives de paires d'atomes. Créez une fonction de distance personnalisée basée sur la dissimilitude des dés.
Créez des molécules à partir de la liste des agents du système nerveux central (SNC) de PubChem (extraite le 14 novembre 2018). Le PubChem CID est stocké dans la molécule par MetaInformation.
Créez une NearestFunction des divers agents du SNC en utilisant la fonction de distance moléculaire.
Le diazépam est connu pour affecter le système nerveux humain, alors recherchez des molécules similaires.
Recherchez les 10 molécules contenues dans l'ensemble le plus proche du diazépam.
Utilisez MoleculePlot pour visualiser les 10 composés qui se rapprochent le plus du diazépam.
