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トポロジー類似性の検索

原子対の記述子は,類似化合物の分子の集合を検索するのに使われる.以下の例では,記述子,対間の連想,および対間の結合距離の計算方法を示し,2つの分子間の距離を計算する.

原子対は,2つの原子と原子間の最短経路に沿った結合の数によって定義される分子の部分構造である.以下のプロットは,3つの原子対(4つの介在結合を持つ2つの対と7つの介在結合を持つ1つの対)を示す.

すべての原子対のインスタンスを計算する関数を定義する.関数は,3つの値{distance, atom1, atom2}であるキーを持つAssociationを返し,それらの値は原子対の発生数を与える.

分子のすべての対を計算する.それぞれの atomi は形式{"AtomicSymbol", "PiElectronCount", "HeavyAtomCoordinationNumber"}である3つの値である.

2つの分子の類似性は,原子対連想のそれぞれの複数集合間で重複する度合によって測定される.複数集合のDice非類似性に基づくカスタムの距離関数を作成する.

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PubChemの中枢神経系(CNS)薬 (2018年11月14日に抽出)のリストから分子を作成する.PubChem CIDは,MetaInformationを使って分子に保存される.

さまざまなCNS薬に対するNearestFunctionを分子距離関数を使って作成する.

ジアゼパムがヒトの神経系に作用することが知られているので,類似の分子を探す.

ジアゼパムに最も近い集合の10個の分子を求める.

MoleculePlotを使って,ジアゼパムに最も似た10個の化合物を可視化する.

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