Subsequência de DNA comum de genes

As funções da versão 7 LongestCommonSequence e LongestCommonSubsequence agora são complementadas pelas suas contrapartidas posicionais LongestCommonSequencePositions e LongestCommonSubsequencePositions.

Comparar as sequências de DNA de genes aleatórios do cromossomo Y.

In[1]:=

genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]

Out[1]=

Agrupe esses genes em pares.

In[2]:=

With[{subsets = Subsets[genes, {2}]}, Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];

Defina uma função que irá obter as posições da maior sequência de DNA contínua comum a cada par, juntamente com a própria sequência.

In[3]:=

commonDNASubequence[{g1_, g2_}] := With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2}, LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2], LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]

Maior subsequência comum do primeiro par.

In[4]:=

commonDNASubequence[pair[1]]

Out[4]=

Maior subsequência comum do terceiro par.

In[5]:=

commonDNASubequence[pair[2]]

Out[5]=

Maior subsequência comum do segundo par.

In[6]:=

commonDNASubequence[pair[3]]

Out[6]=

Maior subsequência comum do quarto par.

In[7]:=

commonDNASubequence[pair[4]]

Out[7]=

Maior subsequência comum do quinto par.

In[8]:=

commonDNASubequence[pair[5]]

Out[8]=

Maior subsequência comum do sexto par.

In[9]:=

commonDNASubequence[pair[6]]

Out[9]=