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細胞を形に基づいて分類する

この例では,細胞を分割および解析して細胞のペアやクラスタから単純細胞を分類する方法を示す. ComponentMeasurementsの新しい輪郭特性を使うと,輪郭線が細胞を囲む凸包と比較される.この比較で細胞タイプの分類に使われる凸性の欠陥が表示できる.

画像出典: Liu, Y., Aubrey, W., Martin, K., Sparkes, A., Lu, C. and King, R.D., 2011. The analysis of yeast cell morphology features in exponential and stationary Phase. Journal of Biological Systems, 19(04), pp. 561575.

セグメンテーションマスクを計算し,それを使って輪郭を測定する.

小さいユーティリティを構築して,輪郭のConvexHullMeshを得て欠陥を計算する.PeakDetectを使うと,2つの細胞の間の接触点を見付けることもできる.

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輪郭の凸性の欠陥とFindPeaksを使って,分葉細胞のファインダを構築することができる.

最後に,凸包の欠陥に基づいた細胞形状分類子を取得する.これは細胞が単純型細胞(欠陥がない,あるいは1つ)かセルのペア(欠陥が2つ)か複雑型細胞(複数の欠陥)かを分類する.

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