Wolfram言語

顕微鏡法のメタデータをインポートして使う

モダリティ,記録装置,露出時間等,画像についての追加情報は,通常画像ファイルのメタデータに保存される.BioFormatsLinkは画像データおよびメタデータをWolfram言語にインポートするためにBio-Formatsライブラリとインタラクトするためのパッケージである.

パリのパスツール研究所のPFID ImagopôleのJean-Yves Tinevez氏によって提供された,マウスの腎臓切片のZip圧縮されたLeica LIFファイルをダウンロードして解凍する.

最初の画像列を3D立体としてインポートする.

画像の重ね合せを見る.

メタ情報を規則のリストとして抽出する.

OMEメタ情報をXML構造としてインポートする.

最初の画像列のボクセル関連の情報を,置換規則のリストとして抽出する.

方向のボクセルサイズを,数量のリストとして構築する.

最初の画像列は誘導放出抑制顕微鏡法(STED)で得られたものである.ここではこのモダリティで使われたレーザー波長が抽出される.

適用されたレーザー波長のリストを構築する.

他にも,顕微鏡とフィルタの指定,取得日,データ,チャンネル符号化等,さまざまな情報を得ることができる.

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