Wolfram Language

Atomkoordinaten erzeugen

Die Wolfram Language ist in der Lage, 3D-Strukturen für Moleküle zu erzeugen, die nur auf ihrem chemischen Diagramm basieren. Dieses Beispiel zeigt, wie man 100 zufällige Konformationen für Adenosin erzeugt und die energieeffizienteste Struktur findet.

Erstellen Sie eine Liste von 100 Molekülen mit verschiedenen zufällig generierten Koordinaten.

Visualisieren Sie die Moleküle so dicht wie möglich.

Ermitteln Sie die Energie des Kraftfelds der unterschiedlichen Konformationen.

Optimieren Sie nun die Energiekonformationen mit dem MMFF-Kraftfeld. Beachten Sie, dass die Energieausbreitung geringer ist und die Gesamtenergien abgenommen haben.

Verwenden Sie TakeSmallestBy, um die Konformation mit dem Energieminimum zu ermitteln.

Verwandte Beispiele

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