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Interne Koordinaten analysieren

Interne molekulare Koordinaten sind Mengen von Bindungslängen, Bindungswinkeln und Torsionswinkeln, die eine 3D-Struktur vollständig definieren. Interne Koordinaten werden in einer Vielzahl chemischer Anwendungen und der Untersuchung chemischer Eigenschaften eingesetzt.

Erkunden Sie die Bindungslängen und Torsionswinkel in Disaccharid-Maltose.

Verwenden Sie MoleculeValue, um alle Bindungslängen zu finden. Die Liste der Bindungslängen wird mit Hilfe der effizienten QuantityArray-Struktur zurückgegeben.

Ermitteln Sie mit MeanAround die durchschnittliche Bindungslänge.

Verwenden Sie BondList, um die Atome und Längen jeder Bindung zu extrahieren, und gruppieren Sie dann die Bindungslängen nach den Atomen der jeweiligen Elemente.

Ermitteln Sie die durchschnittliche Bindungslänge für jede Bindungsart.

Das Finden von Bindungswinkeln ist komplexer, wenn jeder Winkel zwei Bindungen beinhaltet. Definieren Sie zunächst ein Muster, das drei beliebige sequentiell gebundene Atome darstellt.

Verwenden Sie FindMoleculeSubstructure, um die Indizes der Atome zu finden, die diesem Muster entsprechen.

Um die Bindungswinkel nach Atomtyp zu gruppieren, definieren Sie eine Sortierfunktion, um sicherzustellen, dass die CCH-Winkel und HCC-Winkel jeweils gruppiert werden.

Gruppieren Sie die Winkelpositionen mit der Funktion angleLabel.

Visualisieren Sie die Varianz für verschiedene Arten von Bindungswinkeln in diesem Molekül.

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