Topologische Ähnlichkeiten suchen
Atompaar-Deskriptoren werden verwendet, um eine Sammlung von Molekülen nach ähnlichen Verbindungen zu durchsuchen. Dieses Beispiel zeigt, wie man den Deskriptor, eine Assoziation zwischen Paaren und den Bindungsabstand zwischen ihnen berechnet und damit den Abstand zwischen zwei Molekülen berechnet.
Atompaare sind molekulare Teilstrukturen, die durch zwei Atome und die Anzahl der Bindungen auf dem kürzesten Weg zwischen ihnen definiert sind. Die folgende Grafik zeigt drei Atompaare, zwei mit vier Zwischenbindungen und eines mit sieben Zwischenbindungen.
Definiere eine Funktion zum Berechnen aller Atompaarinstanzen. Die Funktion gibt eine Association mit Schlüsseln der Form {distance, atom1, atom2} zurück und die Werte geben die Anzahl der Vorkommen dieses Atompaares an.
Berechnen Sie alle Paare für ein Molekül. Beachten Sie, dass jedes atomi ein Tripel der Form {"AtomicSymbol", "PiElectronCount", "HeavyAtomCoordinationNumber"} ist.
Die Ähnlichkeit zweier Moleküle wird gemessen am Grad der Überschneidung ihrer Atompaarzuordnungen. Erstellen Sie eine benutzerdefinierte Distanzfunktion, die auf der Dice-Dissimilarity basiert.
Erstellen Sie Moleküle aus der Liste der Agenten des Zentralen Nervensystems (ZNS) von PubChem (extrahiert am 14. November 2018). Die PubChem-CID wird durch MetaInformation im Molekül gespeichert.
Erstellen Sie eine NearestFunction zu den verschiedenen Agenten des ZNS mit Hilfe der Molekulardistanzfunktion.
Diazepam ist dafür bekannt, dass es das menschliche Nervensystem beeinflusst, also suchen Sie nach ähnlichen Molekülen.
Finden Sie die 10 Moleküle im Datensatz, die Diazepam am nächsten liegt.
Visualisieren Sie mit MoleculePlot die 10 Verbindungen, die Diazepam am Ähnlichsten sind.
