丁烷的扭转势能面
Wolfram 语言能实现 MMFF94 力场,可用来最小化所有自动生成坐标的能量。如果想找到有所需内部坐标(如特定原子间距离或角度)的构象,可以对内建力场添加约束条件。
下面的例子通过系统地改变中心碳-碳键周围的扭转角来研究丁烷的构象能量,同时产生一维势能面。
创建丁烷分子。
原子 C1‐C2‐C3‐C4 的扭转角是含有原子 C1‐C2‐C3 的平面和含有原子 C2‐C3‐C4 的平面之间的夹角。可视化这些平面以及丁烷的球棒模型。
显示完整的 Wolfram 语言输入
用 MoleculeModify 改变扭转角,将每个步骤的结果保存在表格中。
绘制能量 vs. 扭转角.
求最低和最高能量构象,通常称之为 "synperiplanar" 和 "antiperiplanar"。