Gemeinsame DNA-Teilfolgen in Genen
Die Funktionen LongestCommonSequence und LongestCommonSubsequence der Version 7 wurden nun durch ihre positionsgebenden Gegenstücke LongestCommonSequencePositions und LongestCommonSubsequencePositions ergänzt.
Vergleichen Sie die DNA-Sequenzen zufälliger Gene des Y-Chromosoms.
genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]
Gruppieren Sie diese Gene nach Paaren.
With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];Bestimmen Sie eine Funktion, die die Positionen der längsten gemeinsamen zusammenhängenden DNA-Sequenz jedes Paares, sowie die Sequenz selbst ermittelt.
commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]Die längste gemeinsame Teilfolge des ersten Paares.
commonDNASubequence[pair[1]]
Die längste gemeinsame Teilfolge des zweiten Paares.
commonDNASubequence[pair[2]]
Die längste gemeinsame Teilfolge des dritten Paares.
commonDNASubequence[pair[3]]
Die längste gemeinsame Teilfolge des vierten Paares.
commonDNASubequence[pair[4]]
Die längste gemeinsame Teilfolge des fünften Paares.
commonDNASubequence[pair[5]]
Die längste gemeinsame Teilfolge des sechsten Paares.
commonDNASubequence[pair[6]]
