Superficie d'énergie potentielle de torsion de butane
Wolfram Language dispose d'une fonctionnalité d'implémentation de champ de force MMFF94, qui est utilisée pour minimiser l'énergie pour toutes les coordonnées générées automatiquement. Pour rechercher une conformation avec une coordonnée interne souhaitée, telle qu'une distance ou un angle interatomique, il suffit d'ajouter une contrainte au champ de force intégré.
Cet exemple explore l'énergie conformationnelle du butane en variant systématiquement l'angle de torsion autour de la liaison carbone-carbone centrale, générant ainsi une surface d'énergie potentielle unidimensionnelle.
Créez une molécule de butane.
L'angle de torsion pour les atomes C1-C2-C3-C4 correspond à l'angle entre le plan contenant les atomes C1-C2-C3 et le plan contenant les atomes C2-C3-C4. Visualisez ces plans avec le modèle moléculaire boules-bâtonnets du butane.
Utilisez MoleculeModify pour faire varier l'angle de torsion, en conservant le résultat pour chaque étape dans un tableau.
Représentez graphiquement l'angle d'énergie par rapport à l'angle de torsion.
Déterminez les conformations les plus basses et les plus hautes, généralement appelées "synpériplanaires" et "antipériplanaires".
