ブタンのねじれポテンシャルエネルギー面

Wolfram言語では，MMFF94の力場の実装が取り入れられた．これは，すべての自動生成される座標に対するエネルギーを最小化するために使われる．原子間の距離あるいは角等の希望の内部座標を持つ配座を求めるために，組込みの力場に制約条件を加えることは簡単にできる．

以下の例では，中央の炭素と炭素の結合の周りのねじれ角を組織的に変えることによって，ブタンの配座エネルギーを調べ，同時に一次元のポテンシャルエネルギー面を生成する．

ブタンの分子を作成する．

In[1]:=1

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原子C1‐C2‐C3‐C4のねじれ角は，原子C1‐C2‐C3を含む平面と原子C2‐C3‐C4を含む平面の間の角である．これらの平面をブタンの球棒モデルとともに可視化する．

In[2]:=2

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Out[2]=2

MoleculeModifyを使ってねじれ角を変更させ，それぞれのステップにおける結果を表に残す．

In[3]:=3

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エネルギーとねじれ角の関係をプロットする．

In[4]:=4

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Out[4]=4

通常それぞれ"synperiplanar"，"antiperiplanar"として参照される最小と最大のエネルギー配座を求める．

In[5]:=5

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Out[5]=5