Wolfram 语言

丁烷的扭转势能面

Wolfram 语言能实现 MMFF94 力场,可用来最小化所有自动生成坐标的能量。如果想找到有所需内部坐标(如特定原子间距离或角度)的构象,可以对内建力场添加约束条件。

下面的例子通过系统地改变中心碳-碳键周围的扭转角来研究丁烷的构象能量,同时产生一维势能面。

创建丁烷分子。

原子 C1C2C3C4 的扭转角是含有原子 C1C2C3 的平面和含有原子 C2C3C4 的平面之间的夹角。可视化这些平面以及丁烷的球棒模型。

显示完整的 Wolfram 语言输入

MoleculeModify 改变扭转角,将每个步骤的结果保存在表格中。

绘制能量 vs. 扭转角.

求最低和最高能量构象,通常称之为 "synperiplanar" 和 "antiperiplanar"。

相关范例

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