Sous-séquence commune d'ADN de gènes : Nouveautés de Wolfram Language 11

Sous-séquence commune d'ADN de gènes

Les fonctions LongestCommonSequence et LongestCommonSubsequence de la version 7 sont maintenant complétées par leurs homologues LongestCommonSequencePositions et LongestCommonSubsequencePositions.

Comparez les séquences d'ADN de gènes aléatoires du chromosome Y.

In[1]:=

genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]

Out[1]=

Groupez ces gènes par paires.

In[2]:=

With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
  Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];

Définissez une fonction qui obtiendra les positions de la plus longue séquence continue d'ADN commune à chaque paire, ainsi que la séquence elle-même.

In[3]:=

commonDNASubequence[{g1_, g2_}] := 
 With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2}, 
   LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2], 
   LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]

La plus longue séquence commune de la première paire.

In[4]:=