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Décomposition de chaînes

Examinez les fréquences de codons (groupes de trois nucléotides consécutifs) dans la liste des nucléotides d'un gène.

Obtenez la séquence d'ADN du gène humain "SCNN1A".

In[1]:=

dnasequence = GenomeData["SCNN1A", "FullSequence"];

Utilisez StringPartition pour construire la liste correspondante de codons.

In[2]:=

codons = StringPartition[dnasequence, 3];

In[3]:=

Take[codons, 10]

Out[3]=

Calculez la fréquence relative de chaque codon dans ce gène.

In[4]:=

frequencies = N[Counts[codons]/Length[codons]];

Il existe 64 codons possibles formés à partir des nucléotides A, C, G, T, et ils apparaissent tous dans le gène choisi.

In[5]:=

frequencies // Length

Out[5]=

Trouvez les trois codons avec les fréquences les plus élevées.

In[6]:=

TakeLargest[frequencies, 3]

Out[6]=

Trouvez les trois codons avec les fréquences les plus basses.

In[7]:=

TakeSmallest[frequencies, 3]

Out[7]=

Visualisez toutes les fréquences dans une Grid.

In[8]:=

background = Thread[Rule[ Flatten[{ Outer[List, Range[1, 15, 2], {3, 4, 7, 8}], Outer[List, Range[2, 16, 2], {1, 2, 5, 6}] }, 2], GrayLevel[0.9]]]; Grid[Partition[Sequence @@@ Normal[KeySort@frequencies], 8], Spacings -> {1, 1}, Dividers -> All, Background -> {None, None, background}]

Out[8]=