分析内部坐标
分子内部坐标是用来完全定义 3D 结构的键长、键角和扭转角。内部坐标被用于各种化学应用和属性研究中。
研究二糖麦芽糖中的键长和扭转角。
用 MoleculeValue 求所有键长。用有效的 QuantityArray 结构返回键长列表。
用 MeanAround 求平均键长。
用 BondList 提取每个键的原子和长度,然后按原子对键长进行分组。
求每种类型的键的平均键长。
如果每个角度涉及两个键,则求键角更复杂。首先,定义一个表示任意三个串联键合在一起的原子的模式。
用 FindMoleculeSubstructure 求与此模式匹配的原子的索引。
如果想要按原子类型对键角进行分组,请先定义一个排序函数,以确保将 CCH 和 HCC 角分在一个组。
用函数 angleLabel 对角的位置进行分组 。
可视化该分子中不同类型的键角。