Búsqueda de similitudes topológicas
Los descriptores de pares atómitcos se utilizan para buscar compuestos similares en una colección de moléculas. Este ejemplo muestra cómo calcular el descriptor, una asociación entre pares y la distancia de los enlaces entre ellos, y usarlo para calcular la distancia entre dos moléculas.
Los pares de átomos son subestructuras moleculares definidas por dos átomos y el número de enlaces a lo largo del camino más corto entre ellos. El siguiente gráfico muestra tres pares de átomos, dos con cuatro enlaces y uno con siete enlaces intervinientes.
Defina una función para calcular todas las instancias de pares de átomos. La función devuelve una Association con claves que son triples. {distance, atom1, atom2} y los valores indican el número de apariciones de ese par de átomos.
Calcule todos los pares para una molécula. Observe que cada subíndice atomi es un triple de la forma {"AtomicSymbol", "PiElectronCount", "HeavyAtomCoordinationNumber"}.
La similitud de dos moléculas se mide por el grado de superposición entre sus conjuntos múltiples de asociaciones de pares de átomos. Cree una función de distancias personalizada basada en la disimilitud de conjuntos múltiples de datos.
Cree moléculas de la lista de agentes del sistema nervioso central (SNC) de PubChem (extraído el 14 de noviembre de 2018). El identificador de compuestos de PubChem (CID por sus siglas en inglés) se almacena en la molécula usando MetaInformation.
Cree una NearestFunction para los diversos agentes del SNC que utilizan la función de distancia molecular.
Se sabe que el diazepam afecta el sistema nervioso humano, busque moléculas similares.
Encuentre las 10 moléculas en el conjunto más cercano al diazepam.
Use MoleculePlot para visualizar los 10 compuestos más similares al diazepam.
