DNA塩基配列のスプライス部位を見付ける 

DNA塩基配列は塩基の文字A，C，G，Tで構成される．エクソンで始まり，スプライス部位を含み，イントロンで終わる塩基配列があるとする．エクソンが一様の塩基組成を持ち，イントロンにCとGが欠けており，スプライス部位の共通ヌクレオチドがが0.95の確率でGであるならば，度数分布は以下のようになる．

In[1]:=

X exon = {0.25, 0.25, 0.25, 0.25}; intron = {0.4, 0.1, 0.1, 0.4}; splice = {0.05, 0, 0.95, 0};

In[2]:=

X dnaSeq = Characters["CTTCATGTGAAAGCAGACGTAAGTCA"] /. {"A" -> 1, "C" -> 2, "G" -> 3, "T" -> 4};

状態マシンはエクソン(1)，スプライス(2)，イントロン(3)，終了(4)の状態の他，以下の状態間の遷移確率を持つ．

In[3]:=

X tm = {{0.9, 0.1, 0, 0}, {0, 0, 1, 0}, {0, 0, 0.9, 0.1}, {0, 0, 0, 1}};

観測値はヌクレオチドA (1)，C (2)，G (3)，T (4)，あるいは終了(5)である．

In[4]:=

X em = PadRight[{exon, splice, intron, UnitVector[5, 5]}];

In[5]:=

X hmm = HiddenMarkovProcess[1, tm, em];

最も可能性の高いヌクレオチド配列（エクソン，スプライス，イントロン，あるいは終了）を求める．

In[6]:=

X sites = FindHiddenMarkovStates[Append[dnaSeq, 5], hmm]

Out[6]=

先行するヌクレオチド配列とDNA塩基配列の結合確率を求める．

In[7]:=

X Fold[Times, Likelihood[DiscreteMarkovProcess[hmm], sites], MapThread[Part[em, #1, #2] &, {sites, Append[dnaSeq, 5]}]]

Out[7]=