Wolfram Language

Classez les cellules en fonction de leur forme

Cet exemple illustre comment segmenter et analyser des cellules pour classer des cellules simples à partir de paires ou de groupes de cellules. De nouvelles propriétés de contour sont utilisées dans ComponentMeasurements. Le contour est comparé avec l'enveloppe convexe autour des cellules. Cette comparaison peut montrer les défauts de convexité utilisés pour la classification des types de cellules.

Image extraite de Liu, Y., Aubrey, W., Martin, K., Sparkes, A., Lu, C. et King, R.D., 2011. L'analyse de la morphologie des cellules de levure se fait en phase exponentielle et stationnaire. Journal of Biological Systems, 19(04), pp. 561-575.

Calculez un masque de segmentation et utilisez-le pour mesurer les contours.

Créez un petit utilitaire pour obtenir le maillage convexe des contours avec ConvexHullMesh et calculez les défauts. En utilisant PeakDetect, vous pouvez également trouver les points de jonction entre deux cellules.

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Il est maintenant possible de créer un détecteur de cellules à lobes utilisant les défauts de convexité de contour et FindPeaks.

Finalement, vous obtenez le classifieur de forme de cellule, basé sur les défauts de convexité. Il indique si la cellule est simple (aucun ou un défaut), si c'est une paire de cellules (deux défauts) ou si elle est complexe (défauts multiples).

Exemples connexes

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